交通機関への影響も出ている。 空の便は九州、沖縄の発着便を中心に日航238便、全日空169便など計約590便の欠航が決まった。 少なくとも5万4000人以上に影響が出る見通し。 このほかの欠航は、日本エアコミューター115便、日本トランスオーシャン航空と琉球エアコミューターが計15便、スカイマーク12便、スカイネットアジア航空25便、スターフライヤー17便。 山陽新幹線では14日午前9時5分ごろ、福岡県内の博多−小倉間を走行していたひかり452号の運転士が、「ドーン」という音がしたのに気づいた。 後続車の車掌が調べたところ、線路内で、風で飛ばされてきたとみられる樹木の一部(長さ約5メートル直径約20センチ)を発見。 撤去作業のため、新幹線は上下9本が最大29分遅れた。 また、jr西日本は、大分発東京行き特急「富士」など、14日午後に出発する夜行列車上下線14本を運休にすると発表した。 関西汽船は、大阪発大分・別府行きの「さんふらわあ こがね」など、関西、四国と九州を結ぶフェリー全5便の欠航を決定。 滋賀県の琵琶湖では、14日に大津港(大津市)から出港する予定だった観光遊覧船8便のうち、大型船で移動距離の少ない3便を除き欠航となった。 遊覧船を運航する琵琶湖汽船では、朝から職員が予約客への電話連絡などに追われ、担当者は「3連休は大津港だけでも1日400~500人の予約があるのに、天候次第では全便欠航にもなりかねない」と肩を落とした。 このほかjr九州によると、九州新幹線や宮崎県と鹿児島県の在来線が全区間で始発から運転を見合わせとなった。